夏休みのある日、ハリーは13才の誕生日を迎える。あいかわらずハリーを無視するダーズリー一家。さらに悪いことに、おじさんの妹、恐怖のマージおばさんが泊まりに来た。耐えかねて家出するハリーに、恐ろしい事件がふりかかる。脱獄不可能のアズカバンから脱走した囚人がハリーの命を狙っているという。 新任のルーピン先生を迎えたホグワーツ校でハリーは魔法使いとしても、人間としてもひとまわりたくましく成長する。